Auwälder gehören in ganz Deutschland zu den gefährdeten Biotoptypen. Auf der Roten Liste der Biotoptypen Sachsens werden Weichholz- und Hartholz-Auwälder als von der vollständigen Vernichtung bedroht, die Erlen-Eschen-Auwälder als stark gefährdet eingestuft.
Abgesehen davon, greifen im Leipziger Auensystem mehrere Schutzstatus:
